يعد برنامج الماجستير في دراسات المرأة درة الإنجازات الأكاديمية لمركز  دراسات المرأة في الجامعة الأردنية؛ فهو  برنامج يمنح درجة الماجستير في دراسات المرأة في المسارين : الرسالة والشامل.

         يشجع البرنامج طلبته على تبني قضايا حقوق الإنسان بشكل عام، وقضايا المرأة بوجه خاص، وبما يتناسب واحتياجات المجتمع وثقافته، كما يهدف البرنامج إلى تأهيل طلبة أكفياء في مجال دراسات المرأة متمكنين من توظيف البحث العلمي في إنتاج المعرفة العلمية النسوية، قادرين على نشر الأبحاث العلمية المتخصصة بقضايا المرأة ليكونوا دعاة لتحقيق المساواة والعدالة الاجتماعية بين الجنسين بما يلبي الحاجات  والمتطلبات المعرفية للمجتمع.

         وما يميّز برنامج الماجستير في دراسات المرأة، قبوله لكافة التخصصات الأكاديمية التي يمكن لها التسجيل لاستكمال الحصول على درجة الماجستير في دراسات المرأة، كما يمكن لكلا الجنسين ومن كافة الجنسيات التسجيل للدراسة فيه، ويدرّس باللغة العربية ليكون برنامجا مؤثراً وفاعلا في إنتاج ونشر المعرفة النسوية متعددة العلوم على اختلاف اختصاصاتها، وربطها ربطاً حيوياً مع كافة مؤسسات المجتمع ونشاطاته داخل الأردن وخارجه. ليكون خير داعم للمساعي العلمية  والعملية ذات الصلة بقضايا ودراسات المرأة كافة.