المخطوطات: أ. المخطوطات الأصلية: تشتمل المخطوطات الأصلية المتوافرة في المركز على (800) مخطوط تجمع بين المخطوطة والطبعة الحجرية القديمة. علماً بأنه قد تم تصوير هذه المخطوطات ميكروفيلمياً. ب. المخطوطات المصورة: وهي على شكلين: 1. المخطوطات المصورة فوتوستاتياً وقد بلغ عددها (300) مخطوط. 2. المخطوطات المصورة فيلمياً (ميكروفيلم) (30.000) مخطوط. وقد صورت جميع هذه المخطوطات من الدول التالية: - الولايات المتحدة الأمريكية: من مكتبات: برنستون، ميتشيغان، هارفارد، ييل، كولومبيا، شيكاغو، المكتبة الطبية الأمريكية، واشنطن، مكتبة ييل الطبية، مكتبة نيويورك، مكتبة نيوبيري – شيكاغو، متحف ديترويت. - كندا: جامعة ميغيل. - المملكة المتحدة: جميع المخطوطات الطبية المحفوظة في معهد: The Wellcome Historical Medical Library، ومكتبة تشستربيتي، ومكتبة منغانا، بالإضافة إلى مخطوطات تم تصويرها من المتحف البريطاني والمكتبة البريطانية، مكتبة الدراسات الشرقية والإفريقية / جامعة لندن، مكتبة جامعة كمبردج، مكتبة بودليان – اسكفورد. - بلجيكا: مكتبة جامعة لوڤان. - هولندا: ليدن. - ألمانيا: المخطوطات الموريتانية المحفوظة في جامعة هامبورغ، مكتبة الدولة – برلين، مكتبة جامعة توبنجن. - سويسرا: المخطوطات العربية في مكتبة الجامعة العبرية. - فرنسا: المكتبة الوطنية باريس. - الجمهورية التركية: مكتبات شهيد علي، فاتح، داماد إبراهيم، أسعد أفندي، نور عثمانية، بشير بوبو، عاطف أفندي، بغدادلي وهبي، كوبرللو، لاللي، السليمانية. - إيران: جامعة طهران. - الهند: مكتبة بتنا. - فلسطين: تم تصوير معظم المخطوطات المتوافرة في الأماكن التالية: 1. القدس: مكتبة المسجد الأقصى، المكتبة البديرية، مكتبة الشيخ محمد الخليلي، مخطوطات بطريركية الروم الأرثوذكس، مخطوطات دير الفرانسيسكان. 2. نابلس: مخطوطات جامعة الحاج نمر النابلسي، مخطوطات مسجد برقين. 3. الخليل: مخطوطات الحرم الإبراهيمي. 4. يافا: مخطوطات المكتبة الإسلامية 5. عكا: مخطوطات المكتبة الأحمدية. 6. طولكرم: مخطوطات كفر اللبد. 7. مكتبات الأسر الخاصة: مخطوطات آل الرفاعي، مخطوطات آل هاشم، آل حنون، آل الجوهري، آل الحسيني، آل تفاحة، آل قمحاوي، آل العجلوني، آل الخطيب، آل تميمي، الرجبي، وغيرها من الأسر. - الجمهورية العربية السورية: مكتبة الأسد، الأحمدية، مركز الوثائق التاريخية. - جمهورية مصر العربية: معهد إحياء المخطوطات العربية، دار الكتب المصرية. - المملكة العربية السعودية: مركز الملك فيصل، الجامعة الإسلامية. - الكويت: معهد المخطوطات العربية (سابقاً). - المملكة المغربية: الخزانة العامة – الرباط.